Localizado no Instituto Argonauta, montado em parceria com o Aquário de Ubatuba, o Centro de Reabilitação realiza o resgate e a reabilitação de animais marinhos no litoral norte de São Paulo. As principais ocorrências atendidas pelo Instituto são de aves marinhas (como os pinguins, gaivotas e albatrozes), pinípedes (focas, lobos e leões-marinhos) e cetáceos (baleias e golfinhos). Quando ocorre o aparecimento de algum animal silvestre, o Instituto o encaminha para as instituições responsáveis.
As atividades de resgate e reabilitação desenvolvidas pelo Instituto Argonauta visam o desenvolvimento e o uso de estratégias que tornem mais efetivas as atividades relacionadas à recuperação e soltura dos animais, proporcionando uma chance real de sobrevivência. Propõe-se, também, a realização de trabalhos educativos junto às colônias de pescadores, comunidades tradicionais, profissionais da área, estudantes e comunidade em geral, para que contribuam com a elaboração de uma rede de informações sobre as ocorrências destes animais, de acordo com sugestão do Plano de Ação de Mamíferos Aquáticos do Brasil.
O Instituto Argonauta participa da Rede de Encalhes de Mamíferos Aquáticos no Sudeste (REMASE).
O Instituto Argonauta recebeu a cessão de uma área para a ampliação do Centro de Reabilitação. Isso, somado aos apoios, doações e ao patrocínio do Aquário de Ubatuba, irá proporcionar melhorias na infraestrutura para o atendimento aos animais.
